O homem que nunca perdeu uma eleição, passou a ser o “coringa” de David Almeida ( AVANTE) e poderá ser o indicado como vice na chapa do governador Wilson Lima ( União Brasil). Em 1998, Marcos Rotta foi eleito pela primeira vez deputado estadual na ocasião filiado ao Partido Social Democrata Cristão (PSDC), recebendo 12.552 votos. Foi reeleito em 2002, recebendo 32.741 votos. Em 2006, já filiado ao Partido do Movimento Democrático Brasileiro (PMDB), foi mais uma vez reeleito deputado estadual, desta vez com 32.178 votos. ^] Em 2010 foi novamente reeleito para a ALEAM, com 47.090 votos. Em 2014 foi eleito Deputado Federal, recebendo 117.955 votos. 

No pleito de 2016, ao compor chapa com o tucano Arthur Virgílio Neto, foi eleito vice-prefeito da cidade de Manaus. Por 11 meses, no período de 23 de maio de 2017 a 5 de abril de 2018, acumulou o cargo de secretário municipal de Infraestrutura. Em junho de 2017, anunciou sua filiação ao PSDB. Após 13 meses no ninho tucano, Rotta assinou a desfiliação da legenda no dia 7 de agosto de 2018 por desincompatibilidade de interesses. Em pauta extraordinária do dia 13 de agosto de 2018, a Câmara Municipal de Manaus (CMM) promulgou o Projeto de Decreto Legislativo (PDL) nº 024/2018 da Mesa Diretora que autorizou o vice-prefeito de Manaus, Marcos Rotta, a licenciar-se do cargo, até 31 de dezembro de 2018, para assumir a Secretaria de Estado da Região Metropolitana de Manaus (SRMM). No dia 16 de agosto de 2018, a convite do governador Amazonino Mendes, assumiu a SRMM, onde atuou por quatro meses na execução do projeto que revitalizou quase 200 quilômetros da malha viária da cidade de Manaus. Em 2020, Rotta é eleito vice-prefeito na chapa de David Almeida, juntos David e Marcos tiveram 466.970 votos. Marcos tornou-se não apenas um vice-prefeito atuante mas, novamente assumiu a pasta de infraestrutura do munícipio tendo que pedir exoneração para disputar as eleições de 2022, e tudo indica que com sua boa sorte, poderá ser o vice de Wilson Lima.